根据《教育部关于积极发展、规范管理高校科技产业的指导意见》（教技发[2005]2号）文件精神，学校组建了国有独资性质的哈尔滨东北林业大学资产经营有限公司（以下简称资产经营公司），将学校所有经营性资产划转到资产经营公司，由资产经营公司代表学校全权持有对企业投资所形成的股权，学校以投入到资产经营公司的财产承担有限责任。
资产经营公司及所属企业建立和实行现代化的企业管理制度，学校层面成立了以校领导为主任的经营性资产管理委员会，资产经营公司和各校属企业分别成立了董事会和监事会，资产经营公司对所属企业通过外派董事和外派监事发挥监管作用，进一步规范了所属企业管理。资产经营公司从实际出发建立健全权责明确的国有资产监管体系，切实加强对所投资企业的监管，确保了学校权益，杜绝了国有资产流失，确保国有资产保值增值。至2013年底，学校校属企业改制全面完成，校属企业股权全部划转到资产经营公司。
截止2017年12月31日学校对资产经营公司长期股权投资账面价值总额4,856,36万元，资产经营公司对外投资的企业共8家，其中全资企业7家，控股企业1家，由资产经营公司行使对各出资企业的股东权利。
2017年底，资产经营公司合并资产总额10,845,00万元，负债总额6,630,23万元，所有者权益总额4,214,77万元。