根据《教育部关于积极发展、规范管理高校科技产业的指导意见》（教技发[2005]2号）文件精神，学校组建了国有独资性质的东北林业大学资产经营有限公司，将学校所有经营性资产划转到资产经营有限公司，由资产经营有限公司代表学校全权持有对企业投资所形成的股权，学校以投入到资产经营有限公司的财产承担有限责任。
至2013年底，学校校属企业改制全面完成，校属企业股权全部划转到资产经营公司。资产经营公司及所属企业建立和实行现代化的企业管理制度，学校层面成立了以校领导为主任的经营性资产管理委员会，资产经营公司和各校属企业分别成立了董事会和监事会，在完善企业法人治理结构的基础上，形成各负其责、协调运转、有效制衡、机制灵活的管理体系，建立了科学、民主的决策程序和有效的激励、监督和约束机制。资产公司从实际出发建立健全权责明确的国有资产监管体系，切实加强对所投资企业的监管，确保了学校权益，杜绝了国有资产流失，确保国有资产保值增值。2014年6月东北林业大学资产经营有限公司首届董事、监事会的顺利召开标志着我校校办产业改制并建立现代企业制度工作取得突破性进展。
2014年资产经营公司与企业签订了2014年经营班子考核与奖惩责任书，明确了双方的权利和义务。责任书签订的目的就是为了使企业经营者更好地履行职责，发挥企业经营班子工作的积极性和创造性，促进企业长远发展，落实国有资产保值增值责任。
学校校办企业成立之初在学校教学、科研、科技成果的转化以及办学资金的筹集等方面发挥了重要作用，但由于我校校属企业大多数属传统服务业范畴，科技含量较低，市场竞争力较弱，盈利能力不是很强，2011年-2013年所办企业上缴利润仅为600万元。
现学校对资产经营公司长期股权投资账面价值总额48,563,600元，资产经营公司对所属企业长期股权投资账面价值总额48,063,600元,其中：哈尔滨东林建筑工程有限公司20,650,900元，东北林业大学工程咨询设计研究院有限公司20,063,200元，哈尔滨兴林宾馆有限公司2,061,400元，哈尔滨东北林业大学出版社有限公司3,820,700元，哈尔滨捷顺机动车检测有限公司1,467,400元。
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2014年9月校属企业资产负债一览表
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单位：元
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企业名称
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长期股权投资
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资 产
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负 债
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所有者权益
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哈尔滨东北林业大学资产经营有限公司
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48,563,600.00
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48,304,190.11
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189,463.51
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48,114,726.60
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哈尔滨东林建筑工程有限公司
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20,650,900.00
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92,051,045.18
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73,881,189.08
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18,169,856.10
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东北林业大学工程咨询设计研究院有限公司
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20,063,200.00
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52,840,247.00
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35,772,037.74
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17,068,209.26
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哈尔滨兴林宾馆有限公司
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2,061,400.00
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2,499,495.25
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1,446,873.27
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1,052,621.98
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哈尔滨东北林业大学出版社有限公司
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3,820,700.00
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7,614,431.67
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3,339,122.70
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4,275,308.97
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哈尔滨捷顺机动车检测有限公司
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1,467,400.00
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2,554,034.49
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498,776.61
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2,055,257.88
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合 计
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205,863,443.70
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115,127,462.90
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90,735,980.79
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